CoMPaseD ist ein Python-basiertes Tool zur Vorhersage der optimalen Proteasekombinationen für die Analyse spezifischer Proteom-Teilmengen, wie beispielsweise kleiner Proteine. Dazu verwendet CoMPaseD Monte-Carlo-Simulationen. Der neu eingeführte "Protease Score" ermöglicht einen neutralen Vergleich von Instrumenten, Probenvorbereitungsmethoden oder Messschemata. Dank einer graphischen Benutzeroberfläche kann CoMPaseD auch von Nutzern ohne Programmierhintergrund verwendet werden, um Methoden noch vor experimentellen Durchläufen zu optimieren.

Weitere Informationen:

• Publikation: https://doi.org/10.1093/femsml/uqaf043
• Ausführliche Dokumentation:https://microbialproteomics.github.io/CoMPaseD/
• GitHub:https://github.com/MicrobialProteomics/CoMPaseD
• Massenspektrometrische Daten:
  • https://proteomecentral.proteomexchange.org/cgi/GetDataset?ID=PXD062213 (B. subtilis, Glu-C und LysArgiNase)
  • https://proteomecentral.proteomexchange.org/cgi/GetDataset?ID=PXD017416 (B. subtilis, trypsin, Lys-C, chymotrypsin)
  • https://proteomecentral.proteomexchange.org/cgi/GetDataset?ID=PXD023921 (M. mazei, alle Proteasen)

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