Wir haben ein frei zugängliches, auf Python basierendes Software-Tool entwickelt, das entweder als herunterladbare Library oder als webbasierte GUI verfügbar ist. Die Pipeline vereinfacht die Extraktion und Berechnung von (absoluten) Proteinabundanzen aus unbearbeiteten Proteomikdaten und unterstützt eine Reihe labelfreier Quantifizierungansätze. Unser Tool wurde als vielseitige und robuste Pipeline konzipiert, um die Datenanalyse zu erleichtern und zu vereinfachen und damit die Reproduzierbarkeit zwischen Forschern und Institutionen zu verbessern. Darüber hinaus ermöglicht die robuste modulare Struktur von Alpaca die Integration mit anderen Softwaretools.

Ressourcen und weiterführende Literatur:

•  Alpaca GUI: https://alpaca.nube.uni-greifswald.de

•  Video Tutorial: https://grypstube.uni-greifswald.de/w/xrmy6G55kbrjd3BFcLLSfG

•  Vollständige Dokumentation: https://borfebor.github.io/alpaca_proteomics/

•  GitHub Repository (Quellcode & Beispieldaten)): https://github.com/borfebor/alpaca_proteomics

•  Jupyter-Tutorial-Notizbuch: https://github.com/borfebor/alpaca_proteomics/blob/main/tutorial.ipynb

•  Fragen oder Feedback? Kontaktieren Sie uns über GitHub Issues oder per E-Mail.